Lê trở lại làm Đại Tổng thống từ ngày 7 tháng 6 năm 1916 – 17 tháng 7 năm 1917. Khi Viên chết, ông ta để lại di chúc có tên Lê cùng Thủ tướng Đoàn Kỳ Thụy và Từ Thế Xương. Di chúc là một truyền thống đế chế có từ thời Hoàng đế Khang Hy, và không hợp hiến theo Hiến pháp Dân Quốc. Tuy nhiên, các tướng lĩnh Bắc Dương đưa Lê lên làm Đại Tổng thống, vì ông được các tỉnh phương Nam đang nổi loạn thừa nhận. Lê cố gắng quay lại Ước pháp 1912, nhưng Đoàn nắm hết quyền lực. Quốc dân Đại hội Trung Hoa Dân Quốc họp ngày 1 tháng 8 năm 1916, sau khi đã bị giải tán hơn 2 năm rưỡi. Đoàn muốn kéo Trung Hoa vào Thế chiến I nhưng Lê vẫn lưỡng lự. Họ tranh cãi kịch liệt về quyết định cắt đứt quan hệ với nước Đức của Đoàn. Lê buộc Đoàn từ chức ngày 23 tháng 5 năm 1917, khi những khoản vay bí mật từ Nhật Bản của Thủ tướng bị lộ. Đoàn chạy về Thiên Tân tập trung lực lượng, và hầu hết các tướng lĩnh bỏ rơi chính phủ. Để đáp trả, Lê kêu gọi tướng Trương Huân giúp đỡ. Đổi lại, Trương đòi giải tán Quốc hội, và Quốc hội bị giải tán ngày 13 tháng 6 theo ý Trương. Trương, vốn ngầm thân Đức, bất ngờ chiếm Bắc Kinh từ ngày 14 tháng 6 – 12 tháng 7 năm 1917 và bắt giữ Đại Tổng thống. Trương sau đó phục vị cho Hoàng đế Phổ Nghi nhà Thanh ngày 1 tháng 7, nhưng bị phản đối dữ dội. Lê được thả sang Công sứ quán Nhật Bản, nơi ông cầu viện Đoàn để cứu vãn chế độ Dân Quốc. Đoàn sau đó đánh bại Trương và được phục vị Thủ tướng. Phó Tổng thống Phùng Quốc Chương trở thành Đại Tổng thống lâm thời tại Nam Kinh. Ngày 17 tháng 7, tuyệt vọng trước thời cuộc, Lê chính thức từ nhiệm và về ẩn cư tại Thiên Tân.

Ông một lần nữa trở thành Đại Tổng thống Trung Hoa Dân Quốc từ ngày 11 tháng 6 năm 1922 -13 tháng 6 năm 1923 sau khi Tào Côn buộc Đại Tổng thống Từ Thế Xương từ chức. Lê được chọn vì ông được tất cả các phe phái kính trọng và được kỳ vọng sẽ thống nhất quốc gia. Ông nhận lời với điều kiện rằng các lực lượng quân phiệt phải giải tán; nhưng điều kiện này không bao giờ được thực hiện. Cũng như nhiệm kỳ đầu, ông tái lập Quốc dân Đại hội nhưng ông còn ít quyền lực hơn cả trước kia. Ông tổ chức Nội các gồm những chuyên gia có uy tín nhưng nội các này cũng tan rã khi ông bắt giữ Bộ trưởng Tài chính vì tội hối lộ sau những tin đồn và bằng chứng xác thực; một phiên tòa phủ quyết những cáo buộc. Tào lại sớm ôm mộng làm Đại Tổng thống và đạo diễn những cuộc biểu tính đòi Lê từ chức. Tào thậm chí còn tìm cách hối lộ các nghị viên để họ bầu cho ông ta. Khi Lê trốn khỏi thủ đô, ông tìm cách mang theo chiếc ấn Đại Tổng thống nhưng bị ngăn cản. Ông trốn sang Nhật để chữa bệnh và trở về Thiên Tân năm 1924, nơi ông mất sau đó.